Biệt Đội Cánh Cụt Vùng Madagascar - Penguins of Madagascar xoay quanh câu chuyện về những chú điệp viên siêu cánh cụt đầy ưu tú Skipper, Kowalski, Rico và Private. Đã hợp tác với một tổ chức bí mật đầy lớn mạnh và sang trọng là North Wind. Được dẫn dắt và chỉ đạo chuyên nghiệp bởi đặc vụ đầy kiêu ngạo. Biệt đội này có nhiệm vụ phải ngăn chặn âm mưu tàn phá thế giới của tên tiến sĩ xúc tu Octavius Brine.
